O funcionário do gabinete do governo, que não foi identificado, está sendo investigado pela polícia.
Um passageiro do trem viu o envelope contendo os documentos e o enviou para a BBC, que entregou os papéis para a polícia.
O envelope continha dois relatórios feitos pelo Comitê de Inteligência do governo.
Al-Qaeda e Iraque
Um deles, sobre as forças de segurança do Iraque, tinha sido encomendado pelo Ministério da Defesa.
Segundo o analista da BBC para assuntos de segurança Frank Gardner, o documento continha informações confidenciais e, em alguns trechos, avaliações negativas das forças iraquianas.
O outro relatório, que levaria o título de "Vulnerabilidades da Al-Qaeda", foi feito a pedido do Ministério do Exterior e do Ministério do Interior.
O relatório é tão confidencial que cada uma de suas sete páginas estava marcada com o aviso "para ser visto apenas pela Grã-Bretanha/EUA/Canadá e Austrália", segundo Gardner.
Violação das regras
Aparentemente os papéis foram levados de escritórios do governo e deixados em um trem que saiu da estação de Waterloo em Londres, na terça-feira, em direção a Surrey - o que está sendo visto como uma séria violação de procedimentos envolvendo documentos secretos.
O funcionário suspenso trabalho da unidade de inteligência e segurança do gabinete e contribui para o trabalho do Comitê de Inteligência.
O governo está sendo pressionado para abrir um inquérito oficial, mas o Ministério do Interior diz que aguarda os resultados de uma investigação que está sendo conduzida pela polícia.
O secretário do Ministério do Interior, Tony McNulty, disse que teria sido "muito, muito ruim" se o teor dos documentos fosse parar na internet.
"Estes não são documentos que o governo quer esconder simplesmente porque não quer que o público saiba sobre eles, são documentos operacionais que poderiam dizer aos nossos inimigos coisas que nós não queremos que eles saibam", afirmou.
Mas uma fonte do gabinete do governo tentou minimizar o impacto da violação.
"Nós não acreditamos que houvesse uma ameaça a qualquer pessoa se o que está nos documentos fosse parar nas mãos erradas", afirmou.
Nos últimos meses, vieram à tona vários incidentes de perdas de documentos por departamentos do governo britânico.
Em novembro do ano passado, CDs contendo detalhes como dados bancários de 25 milhões de pessoas que recebem benefícios por ter filhos na Grã-Bretanha foram perdidos.
Em dezembro, a Driving Standards Agency perdeu os registros de 3 milhões de pessoas. Em janeiro deste ano, os dados de 600 mil futuros recrutas das Forças Armadas foram perdidos.